Setelah sebelumnya PT KCJ mengganti semua kursi dengan besi sandar dengan alasan waktu tunggu yang relatif singkat dan keterbatasan ruang pada peron. Stasiun Manggarai kini mempunyai fasilitas kursi prioritas.
Seperti halnya kursi prioritas yang terdapat dalam rangkaian kereta, fasilitas ini disediakan khusus untuk penumpang dengan kebutuhan khusus. Diantaranya ibu hamil, manula, ibu yang membawa anak dan penyandang difabel. Dengan adanya fasilitas ini, diharapkan penumpang yang berkebutuhan khusus tersebut tetap nyaman saat menunggu kereta yang waktu tunggunya atau headway kini berkisar antara 5 hingga 10 menit.
Namun, meski sudah dilengkapi dengan tanda atau signage yang menunjukkan bahwa fasilitas ini diperuntukkan untuk penumpang yang berkebutuhan khusus, masih saja kursi ini diduduki oleh penumpang yang tidak berhak.
